平成１１年度決算検査報告
| 会計名及び科目 | 一般会計 (組織)林野庁 (項)林業振興費 |
| 部局等の名称 | 林野庁 |
| 補助の根拠 | 予算補助 |
| 補助事業者 | 岐阜県 |
| 間接補助事業者 | 岐阜県郡上郡白鳥町 |
| 間接補助事業者 (事業主体) |
長良川ウッド協同組合 |
| 補助事業 | 経営基盤強化林業改善、景気対策臨時緊急特別林業構造改善 |
| 補助事業の概要 | 木材の合理的・能率的な生産を図るため、平成9、10両年度に高性能の加工機械を備えた製材加工施設の整備等を行うもの |
| 事業費 | 1,118,762,508円 |
| 上記に対する国庫補助金交付額 | 559,319,000円 |
| 不当と認める事業費 | 53,271,786円 |
| 不当と認める国庫補助金交付額 | 26,632,927円 |
１ 補助事業の概要
この補助事業は、長良川ウッド協同組合（岐阜県郡上郡白鳥町）が、経営基盤強化林業構造改善事業及び景気対策臨時緊急特別林業構造改善事業の一環として、木材の合理的・能率的な生産を図るため、平成９、１０両年度に高性能の柱加工機、帯鋸盤等を備えた製材加工施設の整備等を行ったものである。
同組合では、本件事業を消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）５３，２７１，７８６円を含め、計１，１１８，７６２，５０８円で実施している。そして、１０年３月及び１１年３月に白鳥町に実績報告書を提出し、これにより国庫補助対象事業費の精算を受けていた。
補助事業の事業主体は、「補助事業等における消費税相当額の取扱いについて」（平成５年５経第３１１号農林水産事務次官依命通達、５年５林野政第１５３号林野庁長官通達）等により、消費税の申告において、課税売上高に対する消費税額から補助対象の施設整備等に係る消費税額を課税仕入れに係るものとして控除（この控除額を以下「消費税仕入控除税額」という。）する場合であって、実績報告書の提出に当たり補助金に係る消費税仕入控除税額が明らかな場合には、これに相当する額を補助金額から減額して報告しなければならないこと、また、実績報告書の提出後に消費税の申告により補助金に係る消費税仕入控除税額が確定した場合には、その金額等を速やかに報告するとともに、当該金額を返還しなければならないこととなっている。
２ 検査の結果
検査したところ、同組合は、１０年３月及び１１年３月に同町に提出した実績報告書において、本件補助金に係る消費税仕入控除税額に相当する額を補助金額から減額していなかった。そして、１０年５月及び１１年５月に消費税の確定申告を行い、本件補助事業に係る消費税額５３，２７１，７８６円を仕入れに係る消費税額として控除し、１０年６月及び１１年６月に消費税の還付を受けていた。
しかし、同組合では、上記の消費税仕入控除税額５３，２７１，７８６円のうち補助金に係る額２６，６３２，９２７円を報告していなかった。そして、これに相当する額を返還しておらず、不当と認められる。
このような事態が生じていたのは、同組合において、補助事業における消費税相当額の取扱いについての理解が十分でなかったこと、岐阜県及び同町において、同組合に対する指導が十分でなかったこと及び審査確認を適切に行わなかったことなどによると認められる。