文部科学省所管の補助事業は、地方公共団体等が事業主体となって実施するもので、同省は、この事業に要する経費について、直接又は間接に事業主体に対して補助金等を交付している。
本院は、合規性等の観点から、補助対象経費の算定が適正に行われているかなどに着眼して、26都道府県、273市区町村、1独立行政法人、8国立大学法人、47学校法人、94宗教法人、9財団法人及び13社団法人等において、実績報告書等の書類によるなどして会計実地検査を行った。また、上記のほか、2学校法人について、実績報告書等の書類により書面検査を行った。
その結果、5都県、3市町、1独立行政法人、10学校法人、2宗教法人、計21事業主体が私立大学等経常費補助金、義務教育費国庫負担金等を受けて実施した事業において、補助金等が過大に交付されているなどしていて、これらに係る国庫補助金2,451,113,197円が不当と認められる。
これを補助金等別に掲げると次のとおりである。