平成１６年度決算検査報告
| 会計名及び科目 | 一般会計 (組織)農林水産本省 (項)卸売市場施設整備費 |
| 部局等の名称 | 関東農政局 |
| 補助の根拠 | 予算補助 |
| 補助事業者 | 埼玉県 |
| 間接補助事業者(事業主体) | 鴻巣フラワーセンター株式会社 |
| 補助事業 | 地方卸売市場施設整備 |
| 補助事業の概要 | 既設の2地方卸売市場を統合し、花き流通の合理化、施設の大型化を図るため、平成12年度から14年度までの間に地方卸売市場施設を整備するもの |
| 事業費 | 4,087,498,000円 | |
| (うち補助対象事業費2,768,367,000円) | ||
| 上記に対する国庫補助金交付額 | 669,991,000円 | |
| 不当と認める補助対象事業費 | 129,969,208円 | |
| 不当と認める国庫補助金交付額 | 31,421,709円 | |
１ 補助事業の概要
この補助事業は、鴻巣市等が出資して設立した鴻巣フラワーセンター株式会社（埼玉県鴻巣市）が、卸売市場施設整備事業の一環として、既設の２地方卸売市場を統合し、花き流通の合理化、施設の大型化を図るため、平成１２年度から１４年度までの間に地方卸売市場の施設を整備したものである。
同会社では、本件補助事業を消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）を含め、事業費計４，０８７，４９８，０００円（うち補助対象事業費計２，７６８，３６７，０００円、これに対する国庫補助金計６６９，９９１，０００円）で実施している。そして、埼玉県に対し１３年３月、１４年５月及び１５年１月にそれぞれ実績報告書を提出し、これにより国庫補助対象事業費の精算を受けていた。
消費税は、事業者が課税対象となる取引を行った場合に納税義務が生じるが、生産、流通の各段階で重ねて課税されないように、確定申告において、課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除（以下、この控除を「仕入税額控除」といい、控除する額を「消費税仕入控除税額」という。）する仕組みが採られている。
そして、補助事業の事業主体が補助対象の施設等を取得することも課税仕入れに該当し、上記の仕組みにより確定申告の際に課税仕入れに係る消費税額を仕入税額控除した場合には、事業主体は補助事業で取得した施設等に係る消費税額を実質的に負担していないことになる。
このため、補助事業の事業主体は、「卸売市場施設整備費補助金交付要綱」（昭和５２年５２食流第３７５２号農林事務次官依命通知）等により、実績報告書の提出後に、消費税の申告により課税売上高に対する消費税額から補助事業に係る消費税額を課税仕入れに係るものとして控除し、補助金に係る消費税仕入控除税額が確定したときには、その金額を速やかに報告するとともに、当該金額を返還しなければならないこととなっている。
２ 検査の結果
検査したところ、同会社は１４年１２月、１５年２月及び６月にそれぞれ消費税の確定申告を行い、本件補助対象事業に係る消費税額計１２９，９６９，２０８円を課税仕入れに係る消費税額として控除していた。
しかし、同会社では、上記の消費税仕入控除税額計１２９，９６９，２０８円のうち本件補助金に係る額計３１，４２１，７０９円を報告、返還しておらず、不当と認められる。
このような事態が生じていたのは、同会社において、補助事業における消費税の取扱いについての理解が十分でなかったこと、埼玉県において、本件補助事業の消費税の取扱いについての指導及び確認が適切でなかったことによると認められる。