農林水産省所管の補助事業等は、地方公共団体等が事業主体となって実施するもので、同省は、この事業に要する経費について、直接又は間接に事業主体に対して補助金等を交付している。
本院は、合規性、有効性等の観点から、38道県、608市町村及び1,256団体等において、実績報告書、設計図書等の書類によるなどして会計実地検査を行った。このほか、一部の地方公共団体等について、資料の提出を求めてその内容を確認するなどして検査した。
その結果、1県、4市町、8団体、計13事業主体（うち1事業主体が補助事業者等と間接補助事業者等の両方に該当する。）が実施した農業用施設災害復旧事業、水利施設等保全高度化事業、担い手育成・確保等対策事業（平成27年度以前は、農業経営対策事業）等に係る国庫補助金186,943,057円が不当と認められる。
これを不当の態様別に示すと次のとおりである。
4件 不当と認める国庫補助金 15,559,861円
3件 不当と認める国庫補助金 115,078,376円
2件 不当と認める国庫補助金 26,597,515円
2件 不当と認める国庫補助金 11,997,018円
1件 不当と認める国庫補助金 6,900,000円
1件 不当と認める国庫補助金 4,729,245円
1件 不当と認める国庫補助金 4,400,882円
1件 不当と認める国庫補助金 1,680,160円
また、不当の態様別・事業主体別に掲げると次のとおりである。