平成１５年度決算検査報告
| 会計名及び科目 | 一般会計 (組織)農林水産本省 (項)農業生産振興費 |
| 部局等の名称 | 中国四国農政局 |
| 補助の根拠 | 予算補助 |
| 補助事業者 | 鳥取県 |
| 間接補助事業者 | 鳥取県境港市 |
| 間接補助事業者 (事業主体) |
有限会社山陰エコシステム |
| 補助事業 | 食品リサイクルモデル整備 |
| 補助事業の概要 | 食品関連事業者から排出される食品残さを再生利用し、農家等にたい肥を供給するため、平成14年度に食品循環資源堆肥化施設を整備するもの |
| 事業費 | 384,116,251円 |
| 上記に対する国庫補助金交付額 | 124,928,000円 |
| 不当と認める事業費 | 18,289,010円 |
| 不当と認める国庫補助金交付額 | 5,948,916円 |
１ 補助事業の概要
この補助事業は、有限会社山陰エコシステム（鳥取県境港市）が、食品リサイクルモデル整備事業の一環として、食品関連事業者から排出される食品残さを再生利用することにより、大量のたい肥を必要としている農家等に安定的にたい肥を供給するため、平成１４年度に食品循環資源堆肥化施設を整備したものである。
同会社では、本件補助事業を消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）１８，２８９，０１０円（うち国庫補助金相当額５，９４８，９１６円）を含め、事業費３８４，１１６，２５１円（国庫補助金１２４，９２８，０００円）で実施している。そして、１５年３月に境港市に実績報告書を提出し、これにより国庫補助対象事業費の精算を受けていた。
消費税は、事業者が課税対象となる取引を行った場合に納税義務が生じるが、生産、流通の各段階で重ねて課税されないように、確定申告において、課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除（以下、この控除を「仕入税額控除」といい、控除する額を「消費税仕入控除税額」という。）する仕組みが採られている。
そして、補助事業の事業主体が補助対象の機械や施設を取得することも課税仕入れに該当し、上記の仕組みにより確定申告の際に課税仕入れに係る消費税額を仕入税額控除した場合には、事業主体は補助事業で取得した機械等に係る消費税額については、実質的に負担していないことになる。
このため、補助事業の事業主体は、「生産振興総合対策等補助金等交付要綱」（平成１４年１３生産第１０１９９号農林水産事務次官依命通知）等により、実績報告書の提出後に、消費税の申告により課税売上高に対する消費税額から補助事業に係る消費税額を課税仕入れに係るものとして控除し、補助金に係る消費税仕入控除税額が確定したときには、その金額を速やかに報告するとともに、当該金額を返還しなければならないこととなっている。
２ 検査の結果
検査したところ、同会社は１５年６月に消費税の確定申告を行い、本件補助事業に係る消費税額１８，２８９，０１０円を課税仕入れに係る消費税額として控除し、同年７月に消費税の還付を受けていた。
しかし、同会社では、上記の消費税仕入控除税額１８，２８９，０１０円のうち本件補助金に係る額５，９４８，９１６円を報告、返還しておらず、不当と認められる。
このような事態が生じていたのは、同会社において、補助事業における消費税相当額の取扱いについての理解が十分でなかったこと、鳥取県及び境港市において、本件補助事業の消費税相当額の取扱いについての確認が適切でなかったことなどによると認められる。