厚生労働省所管の補助事業等は、地方公共団体等が事業主体となって実施するもので、同省は、この事業に要する経費について、直接又は間接に事業主体に対して補助金等を交付している。
本院は、合規性等の観点から、補助金等の交付額の算定が適切に行われているかなどに着眼して、42都道府県、526市区町村、9一部事務組合、22広域連合、1独立行政法人、16国立大学法人及び162団体等において、実績報告書等の書類によるなどして会計実地検査を行った。このほか、一部の地方公共団体等について、資料の提出を求めてその内容を確認するなどして検査した。
その結果、9府県、41市区町村、1一部事務組合、1広域連合、2独立行政法人、18団体等、計72事業主体が新型コロナウイルス感染症緊急包括支援交付金（医療分）、介護保険の財政調整交付金、生活扶助費等負担金等を受けて実施した事業において、補助金等が過大に交付されているなどしていて、これらに係る国庫補助金1,590,796,610円が不当と認められる。
これを補助金等別に掲げると次のとおりである。
(3) 新型コロナウイルス感染症緊急包括支援交付金（医療分）（新型コロナウイルス感染症患者等入院医療機関設備整備事業に係る分）が過大に交付されていたもの［2府県］(92)―(97)
(4) 新型コロナウイルス感染症緊急包括支援交付金（医療分）（新型コロナウイルス感染症重点医療機関等設備整備事業に係る分）が過大に交付されていたもの［大阪府］(98)―(104)
(5) 医療介護提供体制改革推進交付金により造成した基金を活用して実施した事業（医療事業に係る分）において基金が過大に使用されていたもの［厚生労働本省］(105)―(111)
(6) 国民健康保険の財政調整交付金が過大に交付されていたもの［厚生労働本省］(112)―(120)
(7) 生活基盤施設耐震化等交付金で実施した工事の設計が適切でなかったもの［福岡県］(121)
(8) 保育対策総合支援事業費補助金（保育補助者雇上強化事業に係る分）が過大に交付されていたもの［厚生労働本省］(122)
(9) 保育所等整備交付金が過大に交付されていたもの［熊本県］(123)
(10) 生活困窮者就労準備支援事業費等補助金（介護技能評価試験等実施事業分）が過大に交付されていたもの［厚生労働本省］(124)
(11) 生活扶助費等負担金等が過大に交付されていたもの［11都府県］(125)―(137)
(12) 障害者自立支援給付費国庫負担金が過大に交付されていたもの［2府県］(138)(139)
(13) 精神障害者措置入院費負担金が過大に交付されていたもの［兵庫県］(140)
(14) 障害者医療費国庫負担金が過大に交付されていたもの［静岡県］(141)