平成１３年度決算検査報告
| 会計名及び科目 | 一般会計 (組織)農林水産本省 (項)総合食料対策費 (平成11年度以前は、(項)食品流通等対策費) |
| 部局等の名称 | 農林水産本省 |
| 補助の根拠 | 予算補助 |
| 補助事業者 (事業主体) |
財団法人食品流通構造改善促進機構 |
| 補助事業 | 総合食料対策(平成11年度以前は「食品流通等総合対策」) |
| 補助事業の概要 | 食品流通の効率化に資するための調査研究、情報・資料の収集・提供等を行うもの |
| 事業費 | 8,175,037,587円 | (平成10年度〜12年度) |
| 上記に対する国庫補助金交付額 | 8,070,497,000円 | |
| 不当と認める事業費 | 7,826,898円 | (平成10年度〜12年度) |
| 不当と認める国庫補助金交付額 | 7,659,405円 |
１ 補助事業の概要
この補助事業は、効率的な流通システムの構築や流通施設の整備等を通じた食品流通の効率化に資するため、財団法人食品流通構造改善促進機構（以下「機構」という。）が、平成１０年度から１２年度までに、生鮮食品等の取引の電子化等に関する調査研究、情報・資料の収集・提供、研修等を実施したものである。
機構では、上記の補助事業において、補助対象事業費として、ソフトウェアの開発委託費、通信運搬費、印刷費、謝金、会場費等の経費を計８，１７５，０３７，５８７円要したとして農林水産省に実績報告書を提出し、これに対して国庫補助金計８，０７０，４９７，０００円の交付を受けていた。
２ 検査の結果
検査したところ、機構が本件補助事業の実施に要したとして補助対象事業費に計上していた経費８，１７５，０３７，５８７円の中には、機構がその営む事業に関して納税義務者として国に納付した消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）の額（以下「納付消費税額」という。）の一部７，８２６，８９８円が含まれていた。
すなわち、機構では、本件補助事業において課税仕入れはあるものの課税売上げがないことから納付消費税額は生じないが、別途行っている出版事業等の収益事業において課税売上げがあり、毎年、課税売上げに係る消費税額からこれに対応する課税仕入れに係る消費税額を控除した額により消費税の申告を行い納付している。この納付消費税額は、納付時点で管理費の科目である租税公課に計上しているが、１０年度から１２年度までの各年度の実績報告書の提出に当たり、その提出期限である翌年度の４月前に中間申告・納付した納付消費税額計８，１９５，８００円については、他の管理費の例に倣って、年度末に租税公課から各事業費の科目に振り替えていた。そして、うち計７，８２６，８９８円を本件補助事業に係る経費としていた。
しかし、機構の納付消費税額は、機構が収益事業を行っていることに伴い納税義務者として納付したものであって、補助事業の実施に必要な経費ではなく、これを補助対象事業費に計上したのは適切を欠くものである。
このような事態が生じていたのは、機構において補助対象経費の範囲についての認識が十分でなかったことなどによると認められる。
したがって、機構が本件補助事業に要した経費は、補助対象事業費から前記の補助対象事業費に計上した納付消費税額を差し引いた計８，１６７，２１０，６８９円であり、補助対象事業費が７，８２６，８９８円過大に精算されていて、これに係る国庫補助金計７，６５９，４０５円が不当と認められる。