国庫補助金等により独立行政法人、基金法人及び都道府県に設置造成された基金の状況に関する会計検査の結果について

基金を設置造成するための国庫補助金等の交付額は2年度以降大幅に増加している。そこで、基金法人等に設置造成されている基金について、元年度末時点の状況と5年度末時点の状況を比較したところ、年度末時点で国庫補助金等相当額が含まれている基金数は、元年度計162基金、5年度計191基金となっており、5年度末時点における基金数は対元年度末時点比で117.9％と増加していた。また、基金保有額は、元年度計2兆3780億余円（国庫補助金等相当額計2兆1146億余円）、5年度計18兆7969億余円（同計18兆5388億余円）となっており、5年度末時点における基金保有額は対元年度末時点比で790.4％（国庫補助金等相当額の対元年度末時点比876.7％）と大幅に増加していた。これらの推移を示すと、図表1-4のとおりである。

図表1-4　基金法人等に設置造成されている基金の基金数、基金保有額等の推移

また、元年度から5年度までの各年度末時点における各基金の基金保有額の分布状況についてみたところ、図表1-5のとおり、3年度以降、基金保有額が100億円を上回る基金数の割合が増加していた。5年度末時点において基金保有額が1兆円を上回っている基金は、図表1-6のとおりである。

図表1-5　基金法人等に設置造成されている各基金の基金保有額の分布状況

図表1-6　基金法人等に設置造成されている基金のうち基金保有額が1兆円を上回っている基金（令和5年度末時点）

（単位：億円）

（注）

「予算の移替先」欄には、所管府省庁から予算の移替えを受けて執行している府省庁がある場合に、当該府省庁名を記載している。以下同じ。

さらに、所管府省庁別の基金数、基金保有額等についてみたところ、図表1-7のとおり、5年度末時点の基金保有額が最も多いのは経済産業省で、基金保有額計13兆3612億余円（国庫補助金等相当額計13兆3415億余円）となっていた。

図表1-7　基金法人等に設置造成されている基金の所管府省庁別の基金数、基金保有額等

（単位：基金、億円、％）

注(1)

令和5年度末時点の所管府省庁の区分により集計しているため、5年度に設置されたこども家庭庁についても、元年度から4年度までの基金数及び基金保有額を計上している。

注(2)

複数の府省庁が所管している基金の場合は、基金シートにおいて所管府省庁として記載されている府省庁の基金として集計している。

そして、5年度末時点で基金保有額がある基金について、運営形態別及び事業内容別に5年度末時点の基金数及び基金保有額の割合をみたところ、図表1-8及び図表1-9のとおり、いずれも運営形態別では取崩し型の割合が最も高く、事業内容別では補助事業の割合が最も高くなっていた。

図表1-8　基金法人等に設置造成されている基金の運営形態別の基金数及び基金保有額の割合（令和5年度末時点）

注(1)

運営形態の分類については、図表0-2参照

注(2)

「複合型」とは、取崩し型、回転型、保有型又は運用型のうち、複数の運営形態に該当するものである。以下同じ。

図表1-9　基金法人等に設置造成されている基金の事業内容別の基金数及び基金保有額の割合（令和5年度末時点）

事業内容のうち貸付事業及び出資事業は、貸付け又は出資に当たり基金を取り崩すことになるため、取り崩した額は図表1-9の基金保有額に含まれないが、これらについては、将来、資金の全部又は一部の回収が見込まれるものであることから、5年度末時点における貸付残高及び出資残高をみたところ、合わせて計1336億余円（国庫補助金等相当額計1214億余円）となっていた。

都道府県に設置造成されている基金のうち5年度末時点で基金保有額がある63基金の中には、全ての都道府県に設置造成されている基金がある一方で、一つの都道府県のみに設置造成されている基金もある。そこで、都道府県に設置造成されている基金（新潟、富山、石川各県に設置造成されているものを除く。）の元年度末時点と5年度末時点の状況について、都道府県ごとに区別するなどして数えた基金数等で比較したところ、年度末時点で国庫補助金等相当額が含まれている基金数は、元年度計864県基金、5年度計869県基金となっており、5年度末時点における基金数は対元年度末時点比で100.6％と横ばいとなっていた。また、基金保有額も、元年度計1兆6208億余円（国庫補助金等相当額計1兆2412億余円）、5年度計1兆6188億余円（同計1兆1119億余円）となっており、5年度末時点における基金保有額は対元年度末時点比で99.9％と横ばいになっている一方で、これに係る国庫補助金等相当額は対元年度末時点比で89.6％と減少していた。これらの推移を示すと、図表1-10のとおりである。

図表1-10　都道府県に設置造成されている基金の基金数、基金保有額等の推移

また、元年度から5年度までの各年度末時点における各基金の基金保有額の分布状況についてみたところ、図表1-11のとおり、いずれの年度においても「1億円超10億円以下」の基金数が最も多くなっていた。5年度末時点において基金保有額が多い上位5基金は、図表1-12のとおりである。

図表1-11　都道府県に設置造成されている各基金の基金保有額の分布状況

図表1-12　都道府県に設置造成されている基金の基金保有額が多い上位5基金（令和5年度末時点）

（単位：億円）

さらに、所管府省庁別の基金数、基金保有額等についてみたところ、図表1-13のとおり、5年度末時点の基金保有額が最も多いのは厚生労働省で、基金保有額計8963億余円（国庫補助金等相当額計4649億余円）となっていた。

図表1-13　都道府県に設置造成されている基金の所管府省庁別の基金数、基金保有額等

（単位：県基金、億円、％）

注(1)

令和5年度末時点の所管府省庁の区分により集計しているため、5年度に設置されたこども家庭庁についても、元年度から4年度までの基金数及び基金保有額を計上している。

注(2)

複数の府省庁が所管している基金の場合は、執行状況表において所管府省庁として記載されている府省庁の基金として集計している。

そして、都道府県別の基金数、基金保有額等についてみたところ、図表1-14のとおり、5年度末時点の基金保有額が最も多いのは福島県で、基金保有額計3274億余円（国庫補助金等相当額計3052億余円）となっていた。

図表1-14　都道府県に設置造成されている基金の都道府県別の基金数、基金保有額等

（単位：県基金、億円、％）

また、5年度末時点で基金保有額がある基金について、運営形態別及び事業内容別に5年度末時点の基金数及び基金保有額の割合をみたところ、図表1-15及び図表1-16のとおり、いずれも運営形態別では取崩し型の割合が最も高く、事業内容別では補助事業の割合が最も高くなっていた。そして、基金法人等に設置造成されている基金と比較して、運営形態別では複合型の割合が高く、事業内容別では貸付事業の割合が高い状況となっていた。

図表1-15　都道府県に設置造成されている基金の運営形態別の基金数及び基金保有額の割合（令和5年度末時点）

（注）

運営形態の分類については、図表0-2参照

図表1-16　都道府県に設置造成されている基金の事業内容別の基金数及び基金保有額の割合（令和5年度末時点）

事業内容のうち、貸付事業及び出資事業は、貸付け又は出資に当たり基金を取り崩すことになるため、取り崩した額は図表1-16の基金保有額に含まれないが、これらについては、将来、資金の全部又は一部の回収が見込まれるものであることから、5年度末時点における貸付残高及び出資残高をみたところ、合わせて計309億余円（国庫補助金等相当額計218億余円）となっていた。

「④-4　その他」に該当するとされた基金について、基金シート又は執行状況表における基金方式によらざるを得ない理由の記載内容をみたところ、都道府県に設置造成されている基金において、事業が複数年度にわたって実施されることや法律に基づき基金が設置造成されていることは示されているものの、改正適正化令において定められた基金事業の性質の要素である「各年度の所要額をあらかじめ見込み難い理由」等が必ずしも明確に示されていないものも見受けられた（「④-4　その他」の基金シート又は執行状況表に記載されている基金方式によらざるを得ない理由については別図表9及び別図表10参照）。

元年度から5年度までの基金からの支出額についてみたところ、図表2-1のとおり、基金法人等に設置造成されている基金では、元年度6651億余円（国庫補助金等相当額6253億余円）、5年度5兆1366億余円（同5兆0709億余円）、都道府県に設置造成されている基金では、元年度2841億余円（同2333億余円）、5年度3708億余円（同2658億余円）となっており、いずれも増加していた。

図表2-1　基金からの支出額

（単位：億円）

（注）

下段の括弧内の数字は、国庫補助金等相当額を示している。

そして、基金法人等に設置造成されている基金について、支出額が大幅に増加していることから、各年度の支出額が多い上位5基金及び上位10基金の支出額が全ての基金の支出額に占める割合をみたところ、図表2-2のとおり、いずれの年度においても上位10基金で70％以上を占める状況となっていた（支出額が多い上位10基金については別図表11参照）。

図表2-2　支出額が多い上位5基金及び支出額が多い上位10基金が全ての基金の支出額に占める割合（基金法人等）

（単位：億円、％）

（注）

割合は、「全ての基金の支出額」に占める割合を示している。

また、基金法人等に設置造成された基金については、行政事業レビュー実施要領等に基づき作成される基金シートにおいて、前年度の基金シートに記載された事業見込額、事業見込額と当年度の基金シートに記載された実際の事業費との差額（以下「かい離額（注13）」という。）、事業見込額に対するかい離額の割合（以下「かい離率（注13）」という。）等が記載されることとなっている（図表2-3参照）。

（注13）

実際の事業費が前年度の基金シートに記載された事業見込額を上回っている場合、かい離額及びかい離率はマイナスとなる。

図表2-3　かい離額及びかい離率の概念図

そこで、5年度末時点で基金法人等に設置造成されている191基金のうち、事業見込額の算出が困難であること、5年度に新たに設置造成された基金であること、既に基金事業が終了していること又は支出が6年度から発生することからかい離率が算定されていない計30基金を除く161基金について、5年度のかい離率の状況をみたところ、図表2-4のとおり、多くの基金はかい離率が25％未満となっている一方で、36基金（161基金に占める割合22.4％）はかい離率が75％以上となっていて、実際の事業費が事業見込額に比べて大幅に低くなっていた。

図表2-4　かい離率の状況（令和5年度）

（注）

「25％未満」の基金の中には、実際の事業費が前年度の基金シートに記載された事業見込額を上回っている基金も含まれる。

このうち、2年度末時点の基金保有額が100億円以上であり、かつ、3年度から5年度までの間にかい離率が複数年度継続して75％以上となっている基金について、5年度末時点の状況を示す基金シートに記載されたかい離の理由をみたところ、図表2-5のとおり、かい離が生じている理由は基金ごとに様々となっていた。

図表2-5　令和2年度末時点の基金保有額が100億円以上であり、かつ、3年度から5年度までの間にかい離率が複数年度継続して75％以上となっている基金

（単位：億円、％）

（注）

経営安定関連保証等特別基金は、令和5年度の事業費が前年度の基金シートに記載された事業見込額を上回っているため、また、グリーンイノベーション基金は、5年度のかい離率が75％を下回っているため、それぞれ4年度末時点の状況を示す基金シートにおけるかい離の理由を記載している。

そして、これらの基金の中には、かい離率が複数年度継続して75％以上となった後に、事業完了までの事業見込額を精査した結果として多額の国庫返納が行われていた基金が見受けられた。

上記について、詳細を示すと次のとおりである。

＜事例4＞　かい離率が複数年度継続して75％以上となった後に、事業完了までの事業見込額を精査した結果として多額の国庫返納が行われていたもの

また、基金事業を開始できる見込みがなく事業見込額が算出されていなければ、かい離率も算定されないが、基金が設置造成されてから基金事業を開始するまでに相当の期間があった場合、その間、設置造成された基金の全部又は一部が基金事業に供されないことになる。

そこで、基金の設置造成から基金事業の開始までの期間についてみたところ、図表2-6のとおり、基金が設置造成されてから基金事業が開始されるまでに2年以上が経過していて、その間、設置造成された基金の全部又は一部が基金事業に供されていないものが3基金見受けられた。

図表2-6　基金が設置造成されてから基金事業が開始されるまでに2年以上が経過している基金

（注）

「基金保有額（令和5年度末時点）」欄は、「基金が設置造成されてから開始されるまでに2年以上が経過している事業の名称」欄に記載した事業に係る基金保有額である。

上記について、事例を示すと次のとおりである。

＜事例5＞　基金が設置造成されてから相当の期間が経過しても基金事業の一部が開始されないままとなっていて、基金の一部が基金事業に供されない状況となっていたもの

このように、実際の事業費が事業見込額に比べて大幅に低くなっている基金が見受けられたことを踏まえて、各府省庁において、かい離率が大きくなっているなどしている基金については、その原因を究明して、事業の規模や実施方法等を検討して必要に応じて基金の規模を見直すことが重要である。また、設置造成されてから基金事業が開始されるまでに相当の期間が経過している基金が見受けられたことを踏まえて、各府省庁において、速やかに基金事業を開始できるようにするための方策や必要に応じて基金の規模を見直すことを検討することが重要である。

基金事業を実施するに当たっては、他の類似の事業の事業内容等について事前に検討を行い、必要に応じて調整等を行うことが重要である。

そこで、必要な事項について適切に調整等が行われているかみたところ、異なる基金の所管府省庁が事業の開始前に相互に事業内容についての調整等を行っていなかったため、結果として、同一の事業者における同一の燃油購入について事業者の経営の安定又は負担の低減を目的とした事業をそれぞれ実施している状況が見受けられた。

上記について、詳細を示すと次のとおりである。

＜事例6＞　異なる基金の所管府省庁が事業の開始前に事業内容についての調整等を行っていなかったため、結果として、同一の事業者における同一の燃油購入について事業者の経営の安定又は負担の低減を目的とした事業をそれぞれ実施していたもの

また、各府省庁は、国庫補助金等の交付要綱等において、基金事業の目的、資金の使途等を規定しており、基金事業を実施するに当たっては、資金が基金事業の目的に沿って使用されることが重要である。

そこで、資金が基金事業の目的に沿って使用されているかについてみたところ、公益財団法人産業廃棄物処理事業振興財団に設置された、環境省所管の産業廃棄物適正処理推進基金（補助率7/10）（1185番。5年度末時点の基金保有額14億9171万余円、国庫補助金等相当額12億0639万余円）において、当該基金の資金の一部が他の資金と同じ預金口座で管理されていて、預金口座から支払を行う際に、その支払がいずれの資金からの支払に該当するかが区別されていなかったことなどから、少なくとも5年度末時点で基金の収入額及び支出額から算定される基金保有額に対して預金口座の残高が不足しており、基金の一部が基金事業以外の目的に使用されている状況が見受けられた。なお、同財団は、5年度末時点で不足していた額について翌年度に補塡しており、基金保有額に対して預金口座の残高が不足している状況を解消していた。

このように、異なる基金の所管府省庁が、結果として、同一の事業者における同一の燃油購入について事業をそれぞれ実施している状況が見受けられたことを踏まえて、各府省庁において、基金事業の実施に当たり、他の類似の事業の事業内容等について事前に検討を行い必要に応じて調整等を行うことが重要である。また、基金の一部が基金事業以外の目的に使用されている状況が見受けられたことを踏まえて、各府省庁において、資金が基金事業以外の目的に使用されることのないように基金設置団体に適切に管理させることが重要である。

• （ア）　支出額に占める管理費の割合等

  行政事業レビュー実施要領等によれば、基金法人等に設置造成された基金については、基金シートにより支出額を事業費と管理費に区分して公表することとされており、このうち管理費には各種の事業を管理するために毎年度恒常的に要する支出を記載することとされている。

  そして、公表されている基金シートに管理費として計上されている費用は、基金法人等の人件費、事務局に対する委託費等となっており、都道府県に設置造成されている基金の5年度の管理費は計5億余円であるのに対して、基金法人等に設置造成されている基金の5年度の管理費は計452億余円と多額になっていた。

  そこで、5年度末時点において基金法人等に設置造成されている191基金のうち、5年度において基金からの支出がなかった13基金を除く178基金について、各基金における支出額に占める管理費の割合についてみたところ、図表2-11のとおり、5年度における当該割合は、10％以下のものが114基金見受けられた一方で、100％となっているもの、すなわち、支出が管理費のみとなっているものが24基金見受けられた（5年度の支出が管理費のみとなっている基金については別図表17参照）。

  図表2-11　基金法人等に設置造成されている基金の支出額に占める管理費の割合の分布状況（令和5年度）

  

  上記の24基金（管理費の5年度の支出額計4億9959万余円（国庫補助金等相当額同額）。5年度末時点の基金保有額計1兆0813億9597万余円（同））について、5年度における支出が管理費のみとなっている理由を確認したところ、図表2-12のとおり、①基金の設置造成から間がなく、5年度においては事業費の支出に至らなかったためとしているものが13基金、②災害等の要件が発生した場合に事業費を支出する基金であって、5年度には事業費を支出する要件が発生しなかったためとしているものが3基金、③既に基金事業が終了していて、基金法人等が事業の効果検証等を実施していたためとしているものが8基金となっていた（①から③までに該当する基金については別図表17参照）。

  図表2-12　支出が管理費のみとなっている基金の状況（令和5年度）

  （単位：基金、％、万円）

  理由	基金数	割合	管理費の支出額	令和5年度末の基金保有額
  ①基金の設置造成から間がなく、5年度においては事業費の支出に至らなかったため	13	54.2	4億5303	1兆0702億0797
  ②災害等の要件が発生した場合に事業費を支出する基金であって、5年度には事業費を支出する要件が発生しなかったため	3	12.5	1443	109億9016
  ③既に基金事業が終了していて、基金法人等が事業の効果検証等を実施していたため	8	33.3	3212	1億9783
  計	24	100.0	4億9959	1兆0813億9597

  （注）

  割合は、「計」欄の基金数に占める割合を示している。

  そして、上記③の8基金について、元年度以降の事業費の支出の状況についてみたところ、元年度から5年度までの5年間の支出が管理費のみとなっているものが4基金、2年度から5年度までの4年間の支出が管理費のみとなっているものが1基金、3年度から5年度までの3年間の支出が管理費のみとなっているものが3基金となっていた（上記の期間ごとに該当する基金については別図表17(3)参照）。

  なお、6年4月、行政改革推進会議は、点検・見直し結果において、「支出が管理費のみとなっている事業のうち事業が終了しているものについては廃止することを原則とした結果、該当する11事業全てについて、令和6年度までに廃止することとされた」ことを公表した。そして、当該11事業を実施するために設置造成されている11基金の状況についてみたところ、3基金は5年度までに廃止されていた（この3基金は5年度末時点の基金保有額がないため前記の③には含まれていない。）。また、残りの8基金（前記の③と同じ。）は、6年度末までに廃止されていた。

• （イ）　管理費等の内訳

  （ア）のとおり、基金法人等に設置造成されている基金の管理費の支出額は、都道府県に設置造成されている基金の管理費の支出額と比べて多額に上っている。そこで、基金法人等に設置造成されている基金の管理費の支出額の内訳についてみたところ、図表2-13のとおり、5年度に基金法人等が支出した管理費の支出額計452億余円のうち、人件費は65億余円（管理費の支出額に占める割合14.6％）、委託費は309億余円（同68.4％）等となっていた。

  図表2-13　基金法人等に設置造成されている基金における管理費の支出額の内訳

  （単位：億円、％）

  費目		令和元年度		2年度		3年度		4年度		5年度
  		金額	割合	金額	割合	金額	割合	金額	割合	金額	割合
  管理費の支出額		239	100.0	207	100.0	351	100.0	398	100.0	452	100.0
  	人件費	27	11.7	25	12.5	38	11.0	45	11.4	65	14.6
  	委託費	144	60.1	141	68.3	261	74.4	297	74.6	309	68.4
  	その他	67	28.2	39	19.3	51	14.6	55	14.0	76	17.0

  注(1)

  「その他」は、物件費、旅費、一般管理費等である。

  注(2)

  割合は、「管理費の支出額」に占める割合を示している。

  そして、委託費309億余円のうち、事務局に対する支出額は299億余円（委託費に占める割合96.8％）に上っている。

  そこで、事務局に対する支出額の内訳についてみたところ、図表2-14のとおり、5年度においては、人件費137億余円（事務局に対する支出額に占める割合46.0％）、再委託費75億余円（同25.2％）等となっていた。

  図表2-14　事務局に対する支出額の内訳

  （単位：億円、％）

  費目		令和元年度		2年度		3年度		4年度		5年度
  		金額	割合	金額	割合	金額	割合	金額	割合	金額	割合
  事務局に対する支出額		96	100.0	106	100.0	164	100.0	211	100.0	299	100.0
  	人件費	13	13.5	15	14.7	35	21.5	58	27.7	137	46.0
  	再委託費	77	79.7	76	71.6	84	51.4	97	46.1	75	25.2
  	その他	6	6.8	14	13.7	44	27.1	55	26.2	86	28.8

  注(1)

  「その他」は、物件費、旅費、一般管理費等である。

  注(2)

  割合は、「事務局に対する支出額」に占める割合を示している。

基金によっては事務局への委託が行われていて、更に再委託等が多層にわたり行われているなど、基金事業における資金の流れが複雑なものとなっている場合がある。また、一般的な国庫補助事業等については、原則として単年度で事業が終了して、これに伴い各府省庁によって事業に係る支出等に対する確認が行われるため、仮に、支出額に誤りや不適切な点があったとしても、年度ごとにそれらの状況を把握して適切な額に是正することなどが可能である。一方で、基金事業については、複数年度にわたり実施されるものであり、終了するまでに10年以上かかる場合もあるため、事業終了を待って支出等に対する確認を行おうとする場合には、是正すべき状況が長期に及ぶことなどが想定される。

したがって、各府省庁は、基金法人等において管理費が適切に支出されているかなどの確認について、基金事業の終了を待って行うのではなく、必要に応じて確認を行うことができるようにするとともに、適時適切に確認を行うことが重要である。そして、各府省庁は、補助事業者等である基金法人等に対しては、補助金適正化法等の規定に基づいて帳簿書類の確認等を行うことができる一方で、基金法人等の委託先である事務局や再委託等の相手方に対しては、事務局及び再委託等の相手方が補助事業者等に該当しないため、補助金適正化法等の規定に基づいて帳簿書類の確認等を行うことができない。このため、各府省庁は、必要に応じて、自ら又は基金法人等や事務局を通じて、証ひょう書類によって事務局及び再委託等の相手方における支出の裏付けを確認できるように、基金事業に要した経費の証ひょう書類を徴するなどして行う確認（以下「証ひょう書類の確認」という。）に関する規定を定めておくことなどが重要である。

• （ア）　証ひょう書類の確認体制

  各府省庁が事務局及び再委託の相手方に対して必要に応じて証ひょう書類の確認ができるようにしているかをみたところ、5年度末時点で事務局への委託が行われている29基金のうち、基金法人等と事務局が締結した委託契約書等において、各府省庁が自ら又は基金法人等を通じて事務局に対して証ひょう書類の確認ができることが規定されていないものが2基金（29基金に占める割合6.9％）見受けられた。

  また、再委託等が行われている17基金について、事務局と再委託の相手方が締結した委託契約書等において、事務局が再委託の相手方に対して証ひょう書類の確認ができるようにしているかをみたところ、各府省庁が5年度末時点において、事務局が再委託の相手方に対して証ひょう書類の確認ができる規定（以下「事務局による確認規定」という。）の有無を把握していなかったものが2基金（17基金に占める割合11.8％）見受けられた。これらについて、事務局による確認規定の有無をみたところ、1基金は事務局による確認規定が定められていたが、残りの1基金は定められていなかった。

  一方、各府省庁が事務局による確認規定の有無を把握していた残りの15基金においては、いずれも事務局による確認規定が定められていた。これらについて、各府省庁が自ら又は基金法人等を通じて再委託の相手方に対して証ひょう書類の確認ができる規定が定められているかをみたところ、定められているものが12基金（15基金に占める割合80.0％）、定められていないものが3基金（同20.0％）見受けられた（各府省庁による証ひょう書類の確認体制については別図表18参照）。

• （イ）　証ひょう書類の確認状況

  5年度末時点において基金法人等に設置造成されている191基金のうち、5年度に設置造成された12基金及び4年度までに設置造成されて元年度から5年度までの間に管理費の支出がなかった48基金の計60基金を除く131基金について、元年度から5年度までの間における各府省庁等による基金法人等に対する管理費に関する証ひょう書類の確認状況（注14）をみたところ、毎年度確認しているものが55基金（131基金に占める割合42.0％）、毎年度ではないものの1回以上確認しているものが10基金（同7.6％）となっている一方、一度も確認していないものが66基金（同50.4％）見受けられ、このうち29基金は、基金の設置造成から5年以上が経過していた。

  （注14）

  国庫補助金等を原資として、独立行政法人が基金法人等に国庫補助金等を交付して基金が設置造成されている場合は、当該独立行政法人による管理費に関する証ひょう書類の確認状況を含む。

  そして、上記66基金のうち、水産業競争力強化基金（1090番）及び資源管理・漁業革新推進基金（資源管理・漁業革新推進勘定、競争力強化型勘定）（1091番）において、所管府省庁が基金法人等に対して、管理費に関する証ひょう書類の確認を行っておらず、人件費の算定が適切に行われていない事態を把握していなかった状況が見受けられた。

  上記について、事例を示すと次のとおりである。

  ＜事例7＞　所管府省庁が基金法人等に対して、管理費に関する証ひょう書類の確認を行っておらず、人件費の算定が適切に行われていない事態を把握していなかったもの

  農林水産省（水産庁）は、平成27年度から令和5年度までの各年度において、特定非営利活動法人水産業・漁村活性化推進機構に対して、漁業経営安定対策事業費補助金計1435億9963万余円を交付して、同機構は、同補助金を原資として水産業競争力強化基金（1090番）を設置造成している。同機構は、同基金を取り崩して、漁業者の所得向上に取り組むために必要な漁船の導入経費等の助成を行うなどの事業を行っている。また、同機構は、同基金に関する事務処理等に要した管理費についても同基金を取り崩して充当していて、元年度から5年度までの管理費は計4億8535万余円、このうち人件費は4億0945万余円となっていた。

  同機構は、同基金を取り崩して充当する人件費について定められた「補助事業等の実施に要する人件費の算定等の適正化について」（平成22年22経第960号農林水産省大臣官房経理課長通知。以下「適正化通知」という。）によれば、作業時間を記録する業務日誌を整備することとされているのに、この業務日誌を整備していなかった。そして、人件費の算定に当たり、適正化通知で定められた方法（事業の従事者ごとに1時間当たりの単価に事業に従事した作業時間を乗ずる方法）により算定するのではなく、事業の従事者ごとの賃金等に、独自の考え方に基づき当該従事者ごとに定めた事業への従事比率を乗ずるなどの方法により算定しており、人件費の算定が適切に行われていなかった。

  しかし、同省は、元年度から5年度までの間、一度も同機構の管理費に関する証ひょう書類の確認を行っておらず、上記のとおり、人件費の算定が適切に行われていない事態を把握していなかった。

  なお、会計検査院の検査を踏まえて、同省は、6年6月に、同機構に対して、今後の事業の実施に当たっては業務日誌を整備するとともに、適正化通知において定められた方法により人件費を算定するよう指導した上で、6年度末に証ひょう書類の確認を行ったとしている。

  このように、基金法人等と事務局が締結した委託契約書等において各府省庁が自ら又は基金法人等を通じて事務局に対して証ひょう書類の確認ができることが規定されていない基金、各府省庁が事務局による確認規定の有無を把握していなかった基金及び元年度から5年度までの間において各府省庁等が基金法人等の管理費に関する証ひょう書類を一度も確認していない基金が見受けられた。これらを踏まえて、各府省庁において、基金法人等、事務局及び再委託の相手方に対する証ひょう書類の確認に関する規定を定めることなどにより必要に応じて証ひょう書類の確認を行うことができるようにするとともに、当該規定に基づくなどして管理費が適切に支出されていることを適時適切に確認することが重要である。

• （ア）　基金法人等に設置造成されている基金における成果目標の設定状況

  各府省庁は、行政事業レビュー実施要領等に基づき、基金法人等に設置造成された基金について、毎年度、成果の達成状況、保有資金規模、基金への拠出額等の厳格な点検を行い、執行の改善や余剰資金の国庫返納を行うこととなっている。

  これらのうち、成果の達成状況の点検に関して、基金基準によれば、基金事業については基金法人に委ねられ長期にわたり実施されるため、効率的・効果的に基金事業が実施されているかどうかについて的確に検証することが必要であるとされている。そして、基金法人は、基金についての定期的な見直しを行う際に、所管府省が「政策評価に関する基本方針の改定について」（平成17年12月閣議決定）等の規定に準じてあらかじめ事業の効果に着目して定めた目標の達成度を評価し、当該結果を公表することとされている。

  そして、「政策評価に関する基本方針の改定について」によれば、政策効果の把握に当たっては、できる限り政策効果を定量的に把握することができる手法を用いることとされている。そして、これが困難である場合、又は政策評価の客観的かつ厳格な実施の確保に結びつかない場合においては、政策効果を定性的に把握する手法を用いることとされており、この場合においても、できる限り、客観的な情報・データや事実を用いることにより、政策評価の客観的かつ厳格な実施の確保を図ることとされている。

  また、点検・見直しの横断的な方針においても、予算決定と同時に、3年程度の短期のものも含めて、定量的な成果目標を策定して公表することとされている。そして、点検・見直し結果において、4年度末時点の状況を示す基金シート（5年9月公表）では、基金法人等に設置造成された基金（152基金（注15）、200事業（注16））のうち、定量的な短期の成果目標が設定されていない事業が71、長期の成果目標が設定されていない事業が63あったが、点検・見直し対象事業全てについて、定量的な成果目標が設定されたことが示された。

  （注15）

  行政事業レビュー実施要領において、1つの基金において複数の基金事業を実施している場合には、国民への分かりやすさや余剰資金の有無の検証可能性等に配意して、適切な基金事業の単位を設定した上で、基金事業別に基金シートを作成することとなっている。一方、点検・見直し結果においては、複数の基金シートが作成されている場合であっても、基金が1つであれば1基金として計上されている。以下同じ。

  （注16）

  事業数は作成された基金シートごとに1事業として計上されている。

• （イ）　都道府県に設置造成されている基金における成果目標の設定状況

  各府省庁は、行政事業レビュー実施要領等に基づき、都道府県に設置造成された基金についても、都道府県の事務負担に留意しつつ、基金法人等に設置造成された基金に対して行われる点検内容を踏まえて、精査を行うこととなっており、執行状況表には各府省庁が定める成果目標（以下「全国単位の成果目標」という。）を記載し、公表することとなっている。

  そして、都道府県に設置造成された基金については、「独法・公益法人等に造成された基金全体の点検・見直しに係る調書の作成について」（令和5年12月内閣官房行政改革推進本部事務局長事務連絡）等において、点検・見直しの横断的な方針を踏まえた見直しの対象であることが示されていて、必要に応じて各府省庁から都道府県に点検・見直しの横断的な方針の内容を連絡して、5年度末時点の状況を示す執行状況表により見直し後の状況を公表することとなっている。しかし、執行状況表の具体的な記載内容は各府省庁に委ねられていて、点検・見直し結果のように、全ての基金の見直し結果をまとめた資料は公表されていない。

  そこで、5年度末時点で都道府県に設置造成されている63基金について、全国単位の成果目標の設定状況をみたところ、図表3-1のとおり、各府省庁が全国単位の成果目標を設定していないものが2基金（国民健康保険広域化等支援基金（2043番）及び農業改良資金（2046番）。63基金に占める割合3.2％）見受けられた。これらの2基金は、いずれも新規の事業がなく事業者からの償還金の国庫返納のみを行っているものであった。

  また、図表3-1のとおり、全国単位の成果目標を設定している基金についても、成果目標の中に定量的な成果目標が含まれていないものが10基金（63基金に占める割合15.9％）見受けられた（各基金において定量的な成果目標が含まれていない理由については別図表19参照）。

  図表3-1　都道府県に設置造成されている基金における全国単位の成果目標の設定状況（令和5年度末時点）

  

  注(1)

  「定量的な成果目標が含まれているもの」には、都道府県がそれぞれ設定した定量的な目標を達成することをもって全国単位の成果目標としているものが2基金含まれる。

  注(2)

  割合は、「計」欄の基金数に占める割合を示している。

  一方、都道府県が1県基金ごとに設定する成果目標（以下「都道府県単位の成果目標」という。）は、全国単位の成果目標とは異なり、執行状況表に記載することとなっておらず、設定状況が明らかになっていない。しかし、基金事業の実施状況、成果の達成状況等は都道府県ごとに異なる場合があるため、基金事業が効果的に実施されているかなどを的確に検証するためには、都道府県単位の成果目標を設定することが有効と考えられる。また、都道府県単位の成果目標を設定する際には、全国単位の成果目標と同様に、定量的な成果目標を設定することが望ましいと考えられる。

  そこで、5年度末時点で都道府県に設置造成されている869県基金のうち1都、1道、1府又は1県のみに設置造成されている基金（32県基金）を除く837県基金について、都道府県単位の成果目標の設定状況をみたところ、図表3-2のとおり、各都道府県が定量的な成果目標を設定しているものが435県基金（837県基金に占める割合52.0％）となっていた一方で、都道府県単位の成果目標を設定していないものが344県基金（同41.1％）見受けられた。その理由を確認したところ、244県基金（同29.2％）については、各府省庁が定める要領等で成果目標の設定を求められていないためとしていた（各基金において都道府県単位の成果目標が設定されていない理由については別図表20参照）。

  また、図表3-2のとおり、都道府県単位の成果目標を設定している基金についても、成果目標の中に定量的な成果目標が含まれていないものが58県基金（837県基金に占める割合6.9％）見受けられた。

  図表3-2　都道府県に設置造成されている基金における都道府県単位の成果目標の設定状況（令和5年度末時点）

  

  （注）

  割合は、「計」欄の県基金数に占める割合を示している。

  そして、新規の事業がなく事業者からの償還金の国庫返納のみを行っている国民健康保険広域化等支援基金（2043番）及び農業改良資金（2046番）（2基金、29県基金）を除いても、計10基金について各府省庁が定量的な全国単位の成果目標を設定しておらず、計373県基金について都道府県が定量的な都道府県単位の成果目標を設定していない状況となっていた。

• （ウ）　成果目標及び成果指標の内容

  行政事業レビュー実施要領等に基づき、基金法人等に設置造成された基金については、当該事業の事業目的にかなった定量的な成果目標や短期・中長期の成果目標を達成するための効果発現経路を基金シートにおいて公表することとなっており、成果目標に加えて、成果目標の測定基礎となる単位（事業の効果により変動する数値）も、成果指標として基金シートに記載することとなっている。そして、都道府県に設置造成された基金についても、執行状況表において、同様の内容を公表することとなっている。

  しかし、各府省庁が成果目標や成果指標として定量的な目標や指標を設定しているものの、次のとおり、基金事業が効果的に実施されているかなどについて検証する上で、成果目標及び成果指標が適切なものとなっていないものが2基金見受けられた（これらの基金の成果目標及び成果指標の詳細については別図表21参照）。

  ①　内閣府本府所管（総務省に移替え）の新型コロナウイルス感染症対応地方創生臨時交付金及び物価高騰対応重点支援地方創生臨時交付金による基金（2007番）において、内閣府本府は成果目標を「地方公共団体が地域の実情に応じて、きめ細かに必要な事業を実施する」、成果指標を「基金の造成を希望する団体のうち、基金を造成した団体の割合」と設定していて、成果指標が事業の効果により変動する数値となっておらず、基金事業の目的の達成度合を表すものとなっていなかった。

  ②　厚生労働省所管の地域医療介護総合確保基金（医療分）（2038番）において、同省は成果目標を「都道府県が計画を作成」等、成果指標を「都道府県計画の作成数」等と設定していて、成果指標が事業の効果により変動する数値となっておらず、基金事業の目的の達成度合を表すものとなっていなかった。

• （ア）　基金法人等に設置造成されている基金における終了予定時期の設定状況

  基金基準によれば、基金法人に新たに設置する基金について、原則として設置後10年を超えない範囲で、各府省庁が終了予定時期を設定することとされている。ただし、法律を受けて実施される事業であって終了予定時期について法律に特段の定めがない基金事業、終了予定時期の設定が国際交渉に影響を及ぼすおそれのある基金事業又は犯罪被害者等の救済を継続して行う基金事業については、この限りではないとされている。そして、設定した終了予定時期は、行政事業レビュー実施要領等に基づき、基金シート又は執行状況表において公表することとなっている。

  また、点検・見直しの横断的な方針においても、基金の終了期限については、当面具体的に見通せる成果目標を早期に検証する観点も含めて、具体的な期限設定を行うこととされている。そして、点検・見直し結果において、4年度末時点の状況を示す基金シート（5年9月公表）では、基金法人等に設置造成された基金（152基金、200事業）のうち終了予定時期が設定されていない事業が65あったが、原則として、次のとおり終了予定時期が設定されて、点検・見直しの対象事業全てについて成果の検証を行うこととしたことが示された。

  ①　設置から10年を経過していない事業については設置から10年以内

  ②　設置から10年を経過している事業については点検・見直し結果の公表から3年以内（遅くとも8年度末まで）

  ③　基金基準において終了予定時期を設定する必要がないとされている事業については点検・見直し結果の公表から10年以内（遅くとも15年度末まで）

  そこで、基金法人等に設置造成されている基金について、点検・見直し結果の後に公表された5年度末時点の状況を示す基金シートにおける終了予定時期の設定状況をみたところ、基金事業等の性質、内容等を踏まえると具体的な終了予定時期を設定することがそぐわないと考えられるとして、各府省庁が終了予定時期を設定していないものが11基金見受けられた。これらの11基金について、各府省庁は、それぞれの基金事業の状況を踏まえた上で定期的に事業の効果を検証するなどとしていた（終了予定時期が設定されていない基金については別図表22参照）。

  また、各府省庁が終了予定時期を設定しているものの、点検・見直し結果において示された前記①及び②の期間内で設定していないものが7基金見受けられた。これらの7基金について、各府省庁は、基金シートにおいて、前記①及び②の期間内に成果の検証を行うなどとしていた（終了予定時期が点検・見直し結果において示された期間内で設定されていない基金については別図表23参照）。なお、前記の③に該当して終了予定時期をその期間内で設定していない基金は見受けられなかった。

• （イ）　都道府県に設置造成されている基金における終了予定時期の設定状況

  都道府県に設置造成された基金については、「独法・公益法人等に造成された基金全体の点検・見直しに係る調書の作成について」等において、点検・見直しの横断的な方針を踏まえた見直しの対象であることが示されており、必要に応じて各府省庁から都道府県に連絡して、5年度末時点の状況を示す執行状況表で見直し後の状況を公表することとなっている。しかし、執行状況表の具体的な記載内容は各府省庁に委ねられていて、点検・見直し結果のように、全ての基金の見直し結果をまとめた資料は公表されていない。

  そこで、都道府県に設置造成されている63基金について、5年度末時点の状況を示す執行状況表における終了予定時期の設定状況をみたところ、各府省庁が終了予定時期を設定していないものが22基金（都道府県に設置造成されている63基金に占める割合34.9％）見受けられた（終了予定時期が設定されていない基金については別図表24参照）。

  これらの22基金について、終了予定時期が設定されていない理由を確認したところ、法律を受けて実施される事業であって事業を終了する時期について法律に特段の定めがない基金事業のためなどとしていた。しかし、前記のとおり、点検・見直し結果によると、このような基金事業を含め、基金基準において終了予定時期を設定する必要がないとされている事業についても点検・見直し結果の公表から10年以内（遅くとも15年度末まで）で終了予定時期を設定することが原則となっており、「独法・公益法人等に造成された基金全体の点検・見直しに係る調書の作成について」等において、都道府県に設置造成された基金についても点検・見直しの横断的な方針を踏まえた見直しの対象であることが示されている。

  また、各府省庁が終了予定時期を設定しているものの、点検・見直し結果において示された前記①及び②の期間内で設定していないものが2基金見受けられた（終了予定時期が点検・見直し結果において示された期間内で設定されていない基金については別図表25参照）。なお、前記の③に該当して終了予定時期をその期間内で設定していないものは見受けられなかった。

  これらの2基金について、前記①及び②の期間内で設定されていない理由を確認したところ、目的を達成した場合には終了予定時期の前に基金を廃止することになっているためなどとしていた。

• （ウ）　終了予定時期の延長の状況

  基金基準において、事業を終了する時期を延長することができる事業として、法律を受けて実施される事業であって終了予定時期について法律に特段の定めがない基金事業及び当面の危機対応や社会経済情勢の変化への対応等のために事業を継続する必要性が認められる基金事業が挙げられている。

  また、点検・見直し結果において、終了予定時期の到来後の対応については、成果の検証を踏まえて検討することとなっている。

  そして、基金法人等に設置造成されている17基金及び都道府県に設置造成されている9基金は、4年度末時点の状況を示す基金シート又は執行状況表において設定していた終了予定時期（注17）を、5年度末時点の状況を示す基金シート又は執行状況表において延長しており、これらの中には、所管府省庁が基金事業を終了する時期を延長した後に、新たな事業を実施していたものが見受けられた（終了予定時期を延長している基金については別図表26及び別図表27参照）。

  （注17）

  新規申請の受付を終了した後も既採択分の支払等の後年度負担が発生する事業について、基金基準では「新規申請の受付を終了する時期」が「終了予定時期」となるが（第1の3(2)ア参照）、これに加えて、「基金事業を終了する時期」のみを延長している場合も「終了予定時期を延長している基金」として集計している。

  上記について、詳細を示すと次のとおりである。

  ＜事例8＞　所管府省庁が基金事業を終了する時期を延長した後に、新たな事業を実施していたもの

  厚生労働省は、新型コロナウイルスワクチン（以下「ワクチン」という。）等の生産体制を整備し、新型コロナウイルス等の感染症の発生及び流行時に必要なワクチン等をより迅速に製造できる体制を確保するとともに、新型コロナウイルス感染症治療薬を確保し、国民の保健衛生の向上に寄与することを目的として、令和2年度から4年度までの各年度において、一般社団法人新薬・未承認薬等研究開発支援センターに対して、新型コロナウイルスワクチン等生産体制整備臨時特例交付金計4兆4191億8891万余円を交付している。そして、同センターは、同交付金を原資としてワクチン生産体制等緊急整備基金（1051番）を設置造成して、ワクチン等の生産体制を整備する事業、ワクチンの確保及び安定的な国内供給に向けた環境を整備する事業（以下「ワクチン確保等事業」という。）及び同治療薬を確保するなどの事業を実施していて、5年度末時点の基金保有額は7852億0958万余円となっている。

  上記のうち、ワクチン確保等事業については、2年度から、海外ワクチン（5年11月以降は国内外のワクチン）の確保及び供給に向けた環境整備として、国と国内供給計画、ワクチンの価格及び購入計画について協議が整った法人に対して、ワクチンの保管に必要となる設備の新設等に必要な工事請負費、委託料等を助成する事業を実施している。そして、4年度末時点の同基金の管理運営要領によれば、基金事業を終了する時期は5年度末までとされていた。その後、同省は、国内における新型コロナウイルスの変異株の流行等の状況の変化に伴い、ワクチン等の生産体制を整備する事業において、当該変異株に対応したワクチンの生産体制を整備する必要が生じたことから、5年10月に管理運営要領を改正して、基金事業を終了する時期を6年度末まで延長していた。

  その後、同省は、6年度からワクチン接種が予防接種法（昭和23年法律第68号）上の定期接種に位置付けられ、国がワクチンの確保や配送指示等を行う特例臨時接種から、自治体や医療機関においてワクチンの調達を行う定期接種に移行されたことを受けて、5年12月に、ワクチンの1回当たりの接種費用を7,000円（原則、被接種者が自己負担）と積算して、同月のワクチンの接種体制確保に係る自治体向け説明会において周知し、当該説明会の資料を同省のウェブサイトに掲載していた。

  同省は、6年2月に、複数のワクチン製造販売事業者にワクチンの希望小売価格を聴取したところ、1回当たりの接種費用が当初に積算していた7,000円ではなく15,300円程度になることが見込まれた。そのため、特例臨時接種から定期接種への移行期における激変緩和措置を講ずることにして、同年3月のワクチンの接種体制確保に係る自治体向け説明会において、同基金から市町村（特別区を含む。以下同じ。）に対して助成金を交付することにより、被接種者が7,000円の自己負担でワクチン接種を受けられるようにすることを周知していた。そして、同年5月に管理運営要領を改正して、ワクチン確保等事業の一環として、希望する全ての対象者がワクチンの定期接種を受けられるよう、市町村が新型コロナウイルスに係る定期の予防接種を行うために必要なワクチンを確保する費用の一部を助成する事業（以下「定期接種ワクチン確保事業」という。）を新たに実施していた。

  同省は、激変緩和措置として新たに定期接種ワクチン確保事業を実施することとした理由について、自治体からの財政支援の要望も踏まえ、ワクチンの確保や安定供給に支障を来さず、接種を希望する国民が安心して接種できるようにする必要があるためとしている。そして、同基金で実施することとした理由について、定期接種ワクチン確保事業もワクチン等の生産体制を整備し、新型コロナウイルス等の感染症の発生及び流行時に必要なワクチン等をより迅速に製造できる体制を確保するとともに、新型コロナウイルス感染症治療薬を確保し、国民の保健衛生の向上に寄与するという前記の同交付金の交付要綱等における事業目的の範囲内であるためなどとしている。

  このように、同省は、基金事業を終了する時期を延長した後、6年3月には、同基金により定期接種ワクチン確保事業を新たに実施することとしていたが、5年度末の状況を示す基金シート（6年9月公表）において、定期接種ワクチン確保事業に係る事業見込額を記載するなどしておらず、定期接種ワクチン確保事業を実施することを公表していなかった。公表していなかった理由について、同省は、同基金シートは、5年度までの状況を示すものと認識しているため、また、6年度は定期接種の初年度であり今後の事業見込額を算出することが困難であるためなどとしている。

基金基準によれば、使用見込みの低い基金等を保有する基金法人は、定期的な見直しの際に、基金の財源となっている国からの補助金等の国庫への返納等、その取扱いを検討することとされている。

また、行政事業レビュー実施要領によれば、基金法人等に設置造成された基金について、基金事業の厳格な点検を行い、余剰資金の国庫返納を行うこととされており、都道府県に設置造成された基金についても、都道府県の事務負担に留意しつつ、基金法人等に設置造成された基金に対して行われる点検内容を踏まえて精査を行い、余剰資金があれば、都道府県に国庫納付を促すこととされている。

さらに、平成26年度以降、毎年、行政改革推進会議は各府省庁に対して、余剰資金について国庫返納を行うとともに引き続き不断の見直しを行うことなどを通知している。

そこで、基金法人等に設置造成されている基金及び都道府県に設置造成されている基金について、令和元年度から5年度までの所管府省庁別の国庫返納の状況をみたところ、図表3-3-1及び図表3-3-2のとおり、それぞれ計1兆2469億1753万余円及び計1059億1133万余円の国庫返納が行われていた。

図表3-3-1　所管府省庁別の国庫返納の状況（基金法人等）

（単位：基金、万円）

注(1)

基金数は、国庫返納が行われた基金の数である。

注(2)

令和元年度から5年度までの各年度末時点で基金保有額がある基金を所管している府省庁のみを記載している。

図表3-3-2　所管府省庁別の国庫返納の状況（都道府県）

（単位：県基金、万円）

注(1)

県基金数は、国庫返納が行われた基金の数である。

注(2)

令和元年度から5年度までの各年度末時点で基金保有額がある基金を所管している府省庁のみを記載している。

そして、図表3-4-1及び図表3-4-2のとおり、基金法人等に設置造成されている基金で元年度から5年度までの国庫返納額が最も多かったのは、経済産業省所管の新型コロナウイルス感染症基金（1138番）（国庫返納額6824億円）、都道府県に設置造成されている基金で元年度から5年度までの国庫返納額が最も多かったのは、東京都に設置造成されている文部科学省所管の新型コロナウイルス感染症対策基金（同309億1168万余円）となっていた。

図表3-4-1　基金法人等に設置造成されている基金における国庫返納額が多い上位5基金

（単位：万円）

図表3-4-2　都道府県に設置造成されている基金における国庫返納額が多い上位5基金

（単位：万円）

また、基金法人等に設置造成されている基金のうち、元年度から5年度までに廃止された基金は43基金あり、これらの基金が廃止された年度以降における国庫返納額の合計額は、元年度199億9584万余円、2年度9億7098万余円、3年度14億0761万余円、4年度27億9660万余円、5年度2億2554万余円、計253億9660万余円となっていた。

そして、都道府県に設置造成されている基金のうち、元年度から5年度までに廃止された基金は203県基金あり、これらの基金が廃止された年度以降における国庫返納額の合計額は、元年度7億9875万余円、2年度27億4394万余円、3年度134億0573万余円、4年度21億6448万余円、5年度389億2048万余円、計580億3339万余円となっていた。

基金基準によれば、基金事業の今後の見通し又はこれまでの実績からみて、基金規模が過大となっていないかなどの状況を客観的に把握するために、基金法人は基金の保有割合を算出することとされている。そして、保有割合は、基金法人及び関係府省庁間で協議された合理的な事業見通し又は実績を用いて算定することとされており、保有割合が1を大幅に上回っている場合には、使用見込みの低い基金等に該当するものとして、基金の財源となっている国からの補助金等を国庫へ返納するなど、その基金の取扱いを検討することとされている。

また、指針においても、各省各庁の長は、基金造成費補助金等の交付を受けて設置造成された基金について、保有割合、保有割合の算定根拠等の情報を交付要綱等に基づき毎年度報告させて、これらの情報に基づき毎年度基金の見直しを行うとともに、これらの情報を公表することとなっている。

さらに、行政事業レビュー実施要領等に基づき、基金法人等に設置造成された基金については、保有割合を算定することとなっている。

そこで、基金法人等に設置造成されている基金のうち5年度末時点で基金保有額があるものについて、元年度から5年度までの各年度末時点における保有割合の分布状況（基金事業が終了していて翌年度に基金保有額の残額のうち国庫補助金等相当額の返納が予定されていることから保有割合が0となっている基金等を除く。）をみたところ、図表3-5のとおり、基金事業に要する費用と基金保有額が一致して保有割合を1.0としている基金が特に多く、元年度32基金（元年度128基金に占める割合25.0％）、5年度89基金（5年度188基金に占める割合47.3％）と、元年度から5年度にかけて大きく増加している状況となっていた。また、5年度末時点の保有割合が1.0を上回っている基金は4基金（同2.1％）となっていた（5年度末時点の保有割合が1.0を上回っている基金については別図表28参照）。

図表3-5　基金法人等に設置造成されている基金の保有割合の分布状況

保有割合は、合理的な事業見通し又は実績を用いて算定することとなっており、保有割合によって基金規模が過大となっていないかなどの状況を客観的に把握するためには、基金の実態を踏まえて適切に算定する必要がある。

そして、基金基準によれば、基金法人は、定期的な見直しの際に保有割合を算定することとされており、前回の保有割合の算定に用いた数値と実績とが著しくかい離している場合には、保有割合の見直しに当たって、当該実績又は当該実績を反映した堅実な事業見通しを用いて保有割合を算定することに特に留意することとされている。

また、行政事業レビュー実施要領においても、基金規模を点検する際に、保有割合の基礎となる事業見込みに合理性や現実性を欠くことがないよう、過去の執行実績や具体的な需要等を基に、精度の高い事業見込みを算出し、これに基づく保有割合の算定を実施することとされている。

そこで、事業が完了するまでに必要と見込まれる補助・補塡額、管理費等（以下「事業完了までの必要見込額」という。）が、過去の実績額と照らしてどのような規模となっているかを確認するために、5年度末時点において事業完了までの必要見込額、基金保有額等を用いて保有割合を算定する取崩し型の152基金のうち、事業が既に終了していて保有割合が算定されていない基金、4年度又は5年度に新しく設置された基金及び不確実な事故等に対応するための基金計81基金を除く71基金（5年度末時点の基金保有額計11兆4622億余円、国庫補助金等相当額計11兆4488億余円）について、5年度末時点における事業完了までの必要見込額が、元年度から5年度までの平均支出額の何倍となっているかを機械的に算出した。その結果、図表3-6のとおり、10倍を上回っている基金が25基金（71基金に占める割合35.2％、5年度末時点の基金保有額計8兆2168億余円、国庫補助金等相当額計8兆2132億余円）となっていた（5年度末時点における事業完了までの必要見込額が、元年度から5年度までの平均支出額の10倍を上回っている基金については別図表29参照）。

図表3-6　令和5年度末時点における事業完了までの必要見込額と元年度から5年度までの平均支出額との比率

また、保有割合を算定するに当たり、どのような根拠に基づいて事業完了までの必要見込額を算出しているかを各府省庁に確認したところ、図表3-7のとおり、過去の実績額を参考としたとしているものが110基金（5年度末時点で基金法人等に設置造成されている191基金のうち事業が既に終了していて保有割合が算定されていない3基金を除く188基金に占める割合58.5％）と最も多く、需要調査等の調査結果を参考としたとしているものが31基金（同16.5％）、民間企業等の事業者や地方公共団体等へのヒアリング等の結果を参考としたとしているものが32基金（同17.0％）となっていた。

図表3-7　事業完了までの必要見込額を算出するために参考とした根拠

注(1)

事業完了までの必要見込額を算出するために参考とした根拠として挙げられたものについては、複数回答となっているものがある。

注(2)

括弧内の割合は、基金法人等に設置造成されている191基金のうち事業が既に終了していて保有割合が算定されていない3基金を除く188基金に占める基金数の割合を示している。

そして、保有割合の算定に当たり、事業の見込みと実績との間に大きなかい離が生じている基金が見受けられた。

上記について、詳細を示すと次のとおりである。

＜事例9＞　保有割合の算定に当たり、事業の見込みと実績との間に大きなかい離が生じていたもの

また、新規申請受付終了予定時期と、事業完了までの必要見込額を算出する際に対象としている利子補給又は債務保証の時期が合致していないものが2基金見受けられた。具体的には、経済産業省所管の環境・安全等対策基金（1110番）は、新規申請受付終了予定時期を8年度までとしているのに、9年度から12年度までに新たに利子補給を行うことを決定する分（9億4894万余円）も含めて事業完了までの必要見込額（24億2549万余円）を算出して、保有割合を1.0と算定していた。同様に、同省所管の揮発油販売業経営合理化基金（1111番）は、新規申請受付終了予定時期を8年度までとしているのに、9年度及び10年度に新たに債務保証を行うことを決定する分（51億9439万円）を考慮して、保有割合を0.99と算定していた。

このように、基金法人等に設置造成されている基金について、事業完了までの必要見込額が元年度から5年度までの平均支出額の10倍を上回っている基金及び保有割合の算定に当たり事業の見込みと実績との間に大きなかい離が生じている基金が見受けられたことを踏まえて、過去の執行実績、事業完了までの年限、具体的な需要等を基に、事業完了までの必要見込額について算出の精度を高めて保有割合を算定することが必要である。

基金法人等に設置造成された基金については、行政事業レビュー実施要領等に基づき、保有割合を算定することとなっている。これに対して、都道府県に設置造成された基金については、同要領において、都道府県の事務負担に留意しつつ、基金法人等に設置造成された基金に対して行われる点検内容を踏まえて精査を行い、余剰資金があれば都道府県に国庫納付を促すこととなっている。

また、都道府県に設置造成された基金のうち、改正適正化令及び指針（以下「改正適正化令等」という。）の適用対象となる国庫補助金等が交付されたものについては、改正適正化令等に基づき、都道府県が算定した保有割合が各府省庁に毎年度報告されることとなっているが、補助金適正化法が適用されないこと又は改正政令の施行後に基金造成費補助金等が交付されていないことによって改正適正化令等が適用されない場合については、必ずしも保有割合を算定することとはなっていない。

そこで、5年度末時点で都道府県に設置造成されている63基金について、毎年度府省庁に提出される報告書等（以下「年度報告書」という。）における保有割合の記載状況をみたところ、記載しているものが32基金（63基金に占める割合50.8％）、記載していないものが31基金（同49.2％）となっていた。

年度報告書に保有割合を記載していない31基金について、各府省庁が都道府県に保有割合を報告させていない理由を確認したところ、新規の事業がなく事業者からの償還金等の国庫返納のみを行っているため（3基金）、各府省庁において保有割合を算定しているため（4基金）及び保有割合以外に国庫返納額を算定する基準を設けているため（1基金）となっていた。一方で、これら以外の23基金は、基金保有額を報告させているため、事業完了までに必要となる費用を算出することができないため、全額を使用する予定であるためなどとしていた（23基金の保有割合を報告させていない理由については別図表30参照）。

また、基金法人等に設置造成された基金については、基金シートにおいて保有割合の算定過程が公表されている一方、都道府県に設置造成された基金については保有割合の算定過程が公表されていない。

そこで、年度報告書に保有割合を記載している32基金及び各府省庁において保有割合を算定している4基金の計36基金について、算定方法をみたところ、基金基準で示された算定式を用いて保有割合を算定している32基金は、保有割合が1を上回る場合に事業完了までの必要見込額を上回る基金保有額を保有していると判断できるのに対して、図表3-8に示す4基金は、基金基準で示された算定式ではなく保有割合が必ず1以下となるような独自の算定式を用いて保有割合を算定するなどしていた。

このため、これらの算定方法では、事業完了までの必要見込額を上回る基金保有額を保有しているかどうかを保有割合を基に判断できず、保有割合が基金規模の妥当性を判断するための指標として機能していない状況となっていた（これらの基金の保有割合の算定方法については別図表31参照）。

図表3-8　保有割合が基金規模の妥当性を判断するための指標として機能していない基金

（注）

新型コロナウイルス感染症対応地方創生臨時交付金及び物価高騰対応重点支援地方創生臨時交付金による基金（2007番）は、都道府県が算定した保有割合を年度報告書に記載しており、残りの3基金は各府省庁が保有割合を算定している。

上記について、事例を示すと次のとおりである。

＜事例10＞　保有割合が基金規模の妥当性を判断するための指標として機能していなかったもの

そして、年度報告書に保有割合を記載している32基金について、都道府県ごとに区別するなどして、元年度から5年度までの各年度末時点の保有割合の分布状況（保有割合が基金規模の妥当性を判断するための指標として機能していない基金（図表3-8参照）及び基金事業が終了していて翌年度に基金保有額の残額のうち国庫補助金等相当額の返納が予定されていることから保有割合が0となっているなどの基金を除く。）をみたところ、図表3-9のとおり、基金事業に要する費用と基金保有額が一致して保有割合を1.0としている基金が特に多い状況となっていた。また、5年度末時点の保有割合が1.0を上回っている基金は80県基金（5年度412県基金に占める割合19.4％）となっていた（5年度末時点の保有割合が1.0を上回っている基金については別図表32参照）。

図表3-9　年度報告書に保有割合を記載している基金の保有割合の分布状況

さらに、年度報告書に保有割合を記載していない31基金について、新規の事業がないなどの基金を除くとともに、都道府県ごとに区別するなどして、都道府県が基金事業の執行状況、基金保有額等に基づいて、5年度末時点の基金規模が過大となっていないかについて点検しているかをみたところ、5年度末時点の146県基金のうち、47県基金（146県基金に占める割合32.2％、基金保有額計775億余円、国庫補助金等相当額計425億余円）については点検を行っているとしていた一方、99県基金（同67.8％、同計4446億余円、同計2922億余円）については点検を行っていないとしていた。

前記のとおり、都道府県に設置造成されている基金については、年度報告書に保有割合を記載していないものがあり、また、保有割合の算定を行っている基金の中にも保有割合が必ず1以下となるような独自の算定式を用いているものなどがあることから、基金規模の妥当性を客観的な指標を用いて把握することが困難となっているものが存在する。

そこで、複数の運営形態に該当するため基金単位で評価することが困難な複合型及び一律に評価することが困難なその他の運営形態を除く、取崩し型、回転型及び運用型の基金について、5年度末時点において基金保有額がどのような状況となっているかなどを客観的に把握するために、会計検査院において運営形態別に過去の実績に基づく指標を設定して確認したところ、次のような状況となっていた。

• （ア）　取崩し型

  取崩し型の基金については、翌年度以降も過去5年間と同程度の支出額になると仮定した場合に、何年間で基金保有額を使い切ることになるかを示す指標として、基金保有倍率を算定することとした。この基金保有倍率は、翌年度から事業完了年度までの必要見込額を算出した上で基金保有額と比較する保有割合とは異なり、過去の支出額の実績に照らして基金保有額の規模を測る指標である。具体的には、次の計算式により算定している。

  

  都道府県に設置造成されている取崩し型の501県基金のうち、4年度及び5年度に新たに設置された基金、不確実な事故等の発生に応じて資金を交付する事業を実施する基金及び新規の事業がないなどの基金（計62県基金）を除いた439県基金について、基金保有倍率の状況をみたところ、図表3-10のとおり、基金保有倍率が10を上回っている基金が77県基金（439県基金に占める割合17.5％）、元年度から5年度までの支出額が0円であることから基金保有倍率を算定できないものが30県基金（同6.8％）となっていた（元年度から5年度までの支出額が0円であることから基金保有倍率を算定できない基金については別図表33参照）。

  図表3-10　取崩し型の基金における基金保有倍率の状況（令和5年度末時点）

  

  （注）

  破線の内側の階級幅の大きさは、破線の外側の階級幅の大きさと異なる。

  また、上記の439県基金から、基金事業を終了する時期が5年度の46県基金及び基金事業を終了する時期が未定の173県基金を除いた220県基金について、基金保有倍率と5年度末から基金事業を終了する時期までの年数との関係等をみたところ、基金保有倍率が5年度末から基金事業を終了する時期までの年数を上回っているもの及び元年度から5年度までの支出額が0円であることから基金保有倍率を算定できないものが計135県基金（220県基金に占める割合61.4％、5年度末時点の基金保有額計1862億余円、国庫補助金等相当額計1786億余円）見受けられた。

  そして、135県基金について、そのような状況となっている理由を確認したところ、基金事業に対する需要が見込みより少なかったためとしている基金が62県基金（135県基金に占める割合45.9％）、新型コロナウイルス感染症の流行等により予定どおりに事業を進められなかったためとしている基金が27県基金（同20.0％）等となっていた（基金保有倍率が5年度末から基金事業を終了する時期までの年数を上回っているなどの理由については別図表34参照）。

• （イ）　回転型

  回転型の基金については、年度末時点で、基金造成総額（年度末時点の貸付金額又は出資金額に基金保有額を加えた額）のうち貸付け又は出資に充てられていない額の割合を示す指標として、平均繰越率を算定することとした。具体的には、次の計算式により元年度から5年度までの繰越率を算出して、その平均を算定している。

  

  都道府県に設置造成されている回転型の130県基金のうち、新規の事業がないなどの国民健康保険広域化等支援基金（2043番）及び農業改良資金（2046番）（計31県基金）を除いた99県基金について、その状況をみたところ、図表3-11のとおり、40県基金（99県基金に占める割合40.4％、基金保有額計157億余円、国庫補助金等相当額計93億余円）は平均繰越率が90％を上回り、基金造成額の大部分が貸付け又は出資に充てられていない状況となっていた。このうち8県基金（同8.1％、同計67億余円、同計34億余円）は平均繰越率が100％であり、元年度から5年度まで基金造成額が貸付け又は出資に全く充てられていない状況となっていた（元年度から5年度まで基金造成額が貸付け又は出資に全く充てられていない基金については別図表35参照）。

  図表3-11　回転型の基金における平均繰越率の状況（令和元年度末時点～5年度末時点）

  

  そして、平均繰越率が100％の8県基金について、その理由を確認したところ、基金事業に対する需要が見込みより少なかったためとしている基金が6県基金（平均繰越率が100％の8県基金に占める割合75.0％）、同種事業を実施している他の補助金等の利用が多く、基金事業の利用が低調であったためとしている基金が4県基金（同50.0％）等となっていた。

• （ウ）　運用型

  運用型の基金については、運用収入のうち基金事業等のために支出した額の割合を示す指標として、使用率を算定することとした。具体的には、次の計算式により使用率を算定している。

  

  都道府県に設置造成されている運用型の79県基金について、その状況をみたところ、図表3-12のとおり、75県基金（79県基金に占める割合94.9％、基金保有額計513億余円、国庫補助金等相当額計243億余円）は使用率が100％を上回り、支出額が運用収入を上回ることから運用の原資を取り崩して支出していて、実質的に取崩し型に近い形で支出が行われている状況となっていた。

  図表3-12　運用型の基金における使用率の状況（令和元年度～5年度）

  

このように、保有割合が基金規模の妥当性を判断するための指標として機能していない基金、年度報告書に保有割合が記載されていないなど基金規模が過大となっていないかについて点検が行われていない基金、基金保有倍率が10を上回るなどの基金及び基金造成額の大部分が貸付け又は出資に充てられていない基金が見受けられた。基金規模の妥当性については、基金保有倍率、平均繰越率及び使用率の指標のみではなく、基金事業の特性、事業計画、基金保有額の多寡等を考慮して総合的に判断する必要があるが、各府省庁において、都道府県に設置造成されている基金について、都道府県の事務負担に留意しつつ、保有割合を算定させること又は基金規模が過大となっていないかなどの状況を客観的に把握する指標を設定することなどにより、基金規模の妥当性を十分に確認することが必要である。

基金基準によれば、使用見込みの低い基金等は国庫返納等を検討することとされている。また、改正適正化令によれば、補助事業等の完了後においても補助事業者等が従うべき事項として、基金の額が過大であると各省各庁の長が認める場合等は速やかに国庫返納すべきことを、各省各庁の長が定めることとされている。さらに、行政事業レビュー実施要領において、基金法人等に設置造成された基金について、基金事業の厳格な点検を行い、執行の改善や余剰資金の国庫返納を行うこととなっており、都道府県に設置造成された基金についても、都道府県の事務負担に留意しつつ精査を行い、余剰資金があれば、都道府県に国庫返納を促すこととなっている。

そこで、基金事業を終了する時期が到来する前に国庫返納を行うための根拠規定（以下「返納根拠規定」という。）を各府省庁が整備しているかについてみたところ、基金法人等に設置造成されている基金のうち内閣府本府、文部科学、厚生労働、農林水産、経済産業各省所管の6基金及び都道府県に設置造成されている基金のうち内閣府本府、厚生労働、農林水産、経済産業各省所管の14基金において、返納根拠規定を整備しておらず、基金事業を終了する時期が到来する前に基金の額が過大であることが判明しても返納根拠規定に基づいて確実に国庫返納させることができない状況が見受けられた。

返納根拠規定を整備していない理由を確認したところ、各府省庁は、基金保有額を全て支出することを見込んでいるため、事業完了までの必要見込額を算定することが困難であるため、都道府県が必要となる基金残高を設定しているためなどとしていた（返納根拠規定が整備されていない基金については別図表36及び別図表37参照）。

上記について、事例を示すと次のとおりである。

＜事例11＞　改正適正化令等に基づき返納根拠規定を整備することとなっているのに、都道府県が必要となる基金残高を設定しているとして、返納根拠規定を整備していなかったもの

また、国庫返納の必要性の検討について、4基金において、次のような状況が見受けられた。

①　厚生労働省所管のワクチン生産体制等緊急整備基金（1051番）において、事業規模の精査に伴い、当該事業のために保有していた資金から国庫返納させた分を差し引いた額について、国庫返納も含めてその取扱いを検討する必要があったのに十分な検討を行っていなかった。

②　経済産業省所管の新型コロナウイルス感染症基金（1138番）において、国庫返納額についての検討が十分に行われておらず、使用見込みのない資金を速やかに国庫返納させていなかった。

③　内閣府本府所管（総務省に移替え）の新型コロナウイルス感染症対応地方創生臨時交付金及び物価高騰対応重点支援地方創生臨時交付金による基金（2007番）において、基金の将来的な使用見込額を考慮した国庫返納の必要性の検討を行う余地があったのに検討を行っていなかった。

④　こども家庭庁所管（4年度以前は内閣府本府及び厚生労働省所管）の安心こども基金（2011番）において、府省庁が使用見込みのない基金保有額についての報告等を受けていたのに、適時に国庫返納の指示を行っていなかった。

上記について、事例を示すと次のとおりである。

＜事例12＞　事業規模の精査に伴い、当該事業のために保有していた資金から国庫返納させた分を差し引いた額について、今後の使用見込額を算出した上で、国庫返納も含めてその取扱いを検討する必要があったのに、十分な検討を行っていなかったもの

＜事例13＞　基金の将来的な使用見込額を考慮した国庫返納の必要性の検討を行う余地があったのに、検討を行っていなかったもの

このように、返納根拠規定が整備されていない基金及び将来的な使用見込額を考慮した国庫返納の必要性の検討を行う余地があったのに検討を行っていなかったなどの基金が見受けられた。これらを踏まえて、各府省庁において、返納根拠規定を整備すること、適切な時期に国庫返納の必要性を検討すること、国庫返納の必要性の検討に当たっては将来の具体的な使用見込みの有無を踏まえることなどにより、使用見込みのない資金について速やかに国庫返納を行わせることが必要である。